2010年の第2次関東大震災によって東京は廃墟と化してしまうが、「ゲノムコーポレーション」が開発した人型アンドロイド「ブーマ」によって飛躍的な復興を遂げた。
しかし、東京には以後もブーマが住み着き、また、経済的な面ではゲノム社が支配的なシェアを占めることになり、東京はゲノム・シティと化していった。
そんな中、ブーマが故障によって暴走を始める事件が多発して深刻な問題となったため、国はブーマが関係する事件のみを専門的に扱う警察組織「A.D.Police」を設立した。
熊本から憧れの東京に上京した新人OLのリンナ・ヤマザキは、初出勤の日、暴走したアンドロイド・マッドブーマの事故に巻き込まれる。
その危機からリンナを救ったのは、彼女が熊本にいた頃から噂で聞いていた、マッドブーマを相手に戦う謎の組織「ナイトセイバーズ」（以降、「KS」と表記）の一員プリス・S・アサギリだった。
憧れの「KS」の関係者に接触するチャンスだと思ったリンナは、プリスを尾行することでKSの本部に辿り着く。